Αποτελεί το ανώτερο διοικητικό όργανο, με κύρια αρμοδιότητα τη χάραξη στρατηγικής της Τράπεζας, τη λήψη όλων των σημαντικών αποφάσεων και τον έλεγχο της ομαλής πορείας της.
Η θητεία του Διοικητικού Συμβουλίου της Τράπεζας είναι τετραετής και κατά τη λήξη της οι σύμβουλοι είναι πάντοτε επανεκλέξιμοι.

Μέλη Διοικητικού Συμβουλίου (όπως συγκροτήθηκε σε σώμα κατά την συνεδρίαση Νο 619/31-07-2017
Πρόεδρος Δ.Σ. Μαρακάκης Μιχαήλ του Εμμανουήλ (εκτελεστικό μέλος πλήρους απασχόλησης)
Αντιπρόεδρος Δ.Σ. Ανδρουλάκης Γεώργιος του Χαραλάμπους (εκτελεστικό μέλος πλήρους απασχόλησης)
Γραμματέας Δ.Σ. Μπαδιερίτης Κυριάκος του Κωνσταντίνου (εκτελεστικό μέλος)
Ταμίας Δ.Σ. Φαραντάκης Γεώργιος του Ιωσήφ (εκτελεστικό μέλος)
Μέλη
Αποστολάκης Εμμανουήλ του Αποστόλου (μη εκτελεστικό μέλος)
Βάμβουκας Αναστάσιος του Δημητρίου (μη εκτελεστικό μέλος)
Μαλανδράκης Ιωάννης του Ιωάννη  (μη εκτελεστικό/ ανεξάρτητο μέλος)
Μπαουράκης Γεώργιος του Μιχαήλ  (μη εκτελεστικό/ ανεξάρτητο μέλος)
Ντοκάκης Δημήτριος του Βασιλείου (εκτελεστικό μέλος)
Σπερελάκη Μαρία του Θεοδώρου (μη εκτελεστικό/ανεξάρτητο μέλος)
Τζινάκης Εμμανουήλ του Μιχαήλ (εκτελεστικό μέλος)
Χιωτάκης Ιωσήφ του Ιωσήφ (εκτελεστικό μέλος)

Ο Αντιπρόεδρος Δ.Σ. είναι και Αντιπρόεδρος και Διευθύνων Σύμβουλος της θυγατρικής εταιρίας «Κρητικά Ακίνητα Α.Ε.» και άλλων θυγατρικών εταιριών της Τράπεζας. Στα πλαίσια του Δ.Σ. λειτουργούν συγκεκριμένες επιτροπές που απαρτίζονται από μέλη του, ενώ άλλες τελούν υπό την εποπτεία του  (όπως η  η Επιτροπή Ελέγχου, η Επιτροπή Ασφαλείας της Τράπεζας, η Επιτροπή Προμηθειών και άλλες)